在很多的情況之下是編碼器並沒有壞，而只是外界訊號干擾造成波形不好，進而導致計數不準。編碼器屬精密元件，若周圍環境有較大的干擾源時，比如：大型電動機、電焊機、與動力線同一管道傳輸等，容易造成訊號變異，使得控制系統誤判。

一般輸出帶反向信號的抗干擾效能比較好，即A+~A-,B+~B-,Z+~Z-，其特徵是加上電源8條線，而不是5條線(零點共線)。帶反向信號的在電纜中的傳輸是對稱的，受干擾小，在接受設備中也可以再增加判斷（例如接受設備的信號利用A、B信號90°相位差，讀到數位訊號10、11、01、00四種狀態時，計為一個有效脈衝，此方式可有效提高系統抗干擾性能。

如何判斷編碼器是否故障？
1.排除(搬離、關閉、隔離)干擾源，（亦可使用示波器量測A、B、Z各相訊號波形）
2.判斷是否為機械間隙累計誤差（與編碼器連接處機械裝置是否正確安裝，無滑動、鬆脫現象）
3.判斷是否為控制系統和編碼器的電路介面不匹配（編碼器選型錯誤，造成控制系統無法解讀編碼器訊號）
4.若上述現象排除，則可初步判斷為編碼器故障

若無量測工具或舊有設備突然故障，急簡易判斷是否為編碼器是否故障，可用一個相同型號的編碼器替換上去，如果故障現象相同，可基本排除是編碼器故障問題，因為兩台編碼器同時有故障的機率非常小。假如換一台相同型號編碼器上去，故障現象立刻排除，則可基本判定是編碼器故障.

編碼器的供電電壓一般為DC直流電壓5V，12V，24V和3～24V（範圍內都可），依照各型號規格不同，詳細以產品使用說明為準。

編碼器品質優劣，取決於編碼刻度盤、電子晶片、內部電路、訊號輸出、機械材質、轉動培林等等，各項零組件的品質耐用度與準確度，因此，市場上一個1000 PPR增量型編碼器，因品質優劣，價格可相差數十倍之多。

編碼器通常做為生產製程中量的控制訊號回授裝置，因此是自動控制系統相當關鍵的元件，因為其回授訊號的準確性，將會影響生產產品的品質，甚至於當使用於特殊控制系統時，將會有安全問題的考量，因此選擇一個可靠、耐用的編碼器，對於控制系統來說，是相當重要的問題。